长征结束后，莫文骅先后担任了中国工农红军学校（后改为西北红军大学）政治部主任、中国工农红军大学党总支书记、政治处主任、中国人民抗日军事政治大学（简称“抗大”）政治部副主任等，为我军培养了一大批政治和军事人才。

    到了延安后，莫文骅在那里战斗、工作了将近十年时间，历任抗日政治部主任、八路军后方政治部主任、中央党校一部第六支部的书记、八路军南下三支队副政委等职。他在创办红大、抗大和率后方留守部队剿匪御敌、开展大生产、整风、双拥运动等方面做了大量卓有成效的工作，为培养抗战干部，保卫陕甘宁边区，保卫党中央、毛主席做出了重大贡献。

    抗战胜利后，莫文骅先后调任沈阳警备司令部副政委、辽东（南满）军区副政委兼政治部主任、东北野战军第四纵队政委、中国人民解放军四十一军政委、北平警备司令部政委、东北野战军第十四兵团政委、第十三兵团政委等职。率部参加了四保临江、辽沈、衡宝、解放广西等重大战役战斗。1948年秋，在塔山阻击战中，莫文骅与吴克华司令员指挥第四纵队与顽敌血战6天6夜，顶住了敌人11个师的疯狂进攻，创造了震动全军的典型防御战例。接着，莫文骅又率部回师平津，先遣入关，迫使傅作义接受和平解放北平。1949年1月，他率领一二一师率先进入北平，标志了北平的和平解放。1949年4月，莫文骅率十三兵团渡江南下，从湘西沿着红七军当年北上走过的老路向广西进军。在兄弟部队和广西地下党领导的游击队的配合下，十三兵团先后解放了柳州、南宁等重镇，于1949年12月11日，把红旗插上了镇南关，宣告广西全境解放。这恰与莫文骅参加百色起义那天整整相隔20年。

    新中国成立后，莫文骅先后担任中共广西省委副书记，省政协副主席，广西军区副政委，军区党委书记，南宁市军管会主任，南宁市委书记兼市长，东北军区政治部主任，解放军政治学院副院长、院长，中国人民解放军装甲兵政治委员等职。1955年莫文骅被授予中将军衔，先后荣获一级“八一”、“独立自由”、“解放”、“红星”等勋章，成为中共第七、八、十一、十二届全国代表大会代表和第十三、十四、十五届特邀代表。还被选为第三、四、五届全国人大代表和第六届全国人大常务委员会委员。